菌落總數、總大腸桿菌、耐熱大腸菌群、大腸埃希菌群、糞大腸菌、沙門氏菌、大腸桿菌、糞鏈球菌等、腸道桿菌科、金黃色葡萄球菌、綠膿桿菌、李斯特菌、產氣莢膜梭菌、亞硫酸鹽還原梭狀芽孢桿菌、霉菌（曲霉屬真菌、曲霉菌）、酵母菌及軍團菌等。
總大腸菌群主要包括暢桿菌科中韻埃希氏菌屬、檸檬酸桿菌屬、魔雷伯氏菌屬和腸桿菌屬。分布較廣，在恒溫動物糞便和自然界廣泛存在。調查研究表明，大腸菌群細菌多存在于恒溫動物糞便、人類經常活動的場所以及有糞便污染的地方，人、畜糞便對外界環境的污染是大腸菌群在自然界存在的主要原因。糞便中多以典型大腸桿菌為主，而外界環境中則以大腸菌群其他型別較多。如果大腸菌群嚴重超標，可能會引起腸道傳染病或食物中毒。
沙門氏菌是一種常見的食源性致病菌。屬腸桿菌科，革蘭氏陰性腸道桿菌。已發現的近一千種（或菌株）。按其抗原成分，可分為甲、乙、丙、丁、戊等基本菌組。其中與人體疾病有關的主要有甲組的副傷寒甲桿菌，乙組的副傷寒乙桿菌和鼠傷寒桿菌，丙組的副傷寒丙桿菌和豬霍亂桿菌，丁組的傷寒桿菌和腸炎桿菌等。除傷寒桿菌、副傷寒甲桿菌和副傷寒乙桿菌引起人類的疾病外，大多數僅能目引起家畜、鼠類和禽類等動物的疾病，但有時也可污染人類的食物而引起食物中毒 。
糞鏈球菌革蘭陽性球菌，觸酶試驗陰性，在65%NaCl中生長，膽汁七葉苷試驗陽性，45℃中生長糞腸球菌分布在畜、禽養殖場所和畜、禽產品生產加工的環境中，存在于人和動物上呼吸道、消化道、生殖道內，廣泛分布于自然界中可引起醫源感染，最常見為尿道感染（大部分與尿道器械操作、導尿等有關）。其次為腹部和盆腔等部位的創傷和外科術后感染。
金黃色葡萄球菌形態為球形，在培養基中菌落特征表現為圓形，菌落表面光滑，顏色為無色或者金黃色，無擴展生長特點，將金黃色葡萄球菌培養在哥倫比亞血平板中，在光下觀察菌落會發現周圍產生了透明的溶血圈。在國標中制定了金黃色葡萄球菌的限量標準，規定熟肉制品、熟制水產品、熟制糧食制品等 8大類食品中，同批次采集 5 份樣品，每份樣品中的金黃色葡萄球菌濃度均不得超出 100 CFU/g，僅允許其中1份樣品在 100~1000 CFU/g之間。
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